Παρά την συγχώνευση του Σώματος Ελλήνων Προσκόπων με την Εθνική Οργάνωση Νεολαίας, το προσκοπικό πνεύμα ούτε για μια στιγμή εγκατέλειψε εκείνους που είχαν δώσει τον όρκο του Προσκόπου. Αυτό φάνηκε με την κατάλυση του ελεύθερου κράτους από τους εισβολείς, την άνοιξη του 1940.

Σε όλη τη διάρκεια της Κατοχής, οι παλιές προσκοπικές Ομάδες συνέρχονταν μυστικά, και ασχολούνταν με την προετοιμασία της ανασύστασης του Σώματος και την παροχή πολύτιμων υπηρεσιών στις οργανώσεις αντιστάσεως, στον Ερυθρό Σταυρό και στο πληθυσμό που δυστυχούσε. Η υπομονή, η αισιοδοξία και η αλληλεγγύη ήταν τα σύμβολα των νεαρών εκείνων Ελλήνων κατά τη σιωπηρή τους εξόρμηση για να ανακουφίσουν τους πάσχοντες συνάνθρωπούς τους. Πολλοί πλήρωσαν με τη ζωή τους την αφοσίωσή τους στα εθνικά και προσκοπικά ιδεώδη.

Η ελεύθερη Ελληνική Κυβέρνηση της Αλεξάνδρειας εγκατέστησε το 1942 προσωρινό Διοικητικό Συμβούλιο των Ελλήνων Προσκόπων με Επίτιμο Πρόεδρο τον «διάδοχο Παύλο». Λίγο αργότερα, ο Δ. Αλεξάτος, έφεδρος αξιωματικός του τότε Βασιλικού Ναυτικού, σε συνεργασία με τον Πλοίαρχο Γ. Λελούδα και τέως στελέχη του Σώματος, οργανώνουν Ομάδα Ποντοπόρων Προσκόπων στα πολεμικά πλοία και τις υπηρεσίες του τότε Β.Ν. Την Ομάδα αυτή αποτέλεσαν όσοι είχαν διατελέσει Πρόσκοποι από αυτούς που υπηρετούσαν την περίοδο εκείνη στο τότε Ελληνικό Βασιλικό Ναυτικό στην Αίγυπτο.

Οι Ποντοπόροι Πρόσκοποι στις Πυραμίδες (1943)

Μετά τα στασιαστικά κινήματα που σημειώθηκαν εκεί, οι Ποντοπόροι Πρόσκοποι οργάνωσαν αναμορφωτική κατασκήνωση στο Κασφαρέτ του Σουέζ, όπου στάλθηκαν 300 παιδιά ναυτικών που είχαν παρασυρθεί από τους κινηματίες. Τον Αύγουστο του 1943, ιδρύθηκαν από τους Γ. Βλάχο και Τ. Γκαζιάνη προσκοπικές Ομάδες στις Προσφυγικές Κατασκηνώσεις Μέσης Ανατολής για την απασχόληση των παιδιών των προσφύγων. Τα αποτελέσματα ήταν πλούσια.

Στην Αθήνα, από το καλοκαίρι του 1944, ανώτατα παλαιά στελέχη του Σώματος Ελλήνων Προσκόπων κάτω από την ηγεσία των Κ.Μελά, Α. Μπενάκη, Μ. Μίνδλερ, Λ. Πτέρη και άλλων, άρχισαν να συγκεντρώνονται σε μυστικές συσκέψεις, παρά την αυστηρή απαγόρευση των Αρχών Κατοχής, για να θέσουν τις βάσεις της αναβίωσης του Προσκοπισμού. Παράλληλα, τις παραμονές της απελευθέρωσης, δημιουργήθηκαν συνεργεία τα οποία προσέφεραν σημαντικές υπηρεσίες κατά την περίοδο που μεσολάβησε μέχρι την άφιξη της Κυβέρνησης από το εξωτερικό.